beagle 的使用方法和参数信息
一、基本使用场景1. 单倍型推断（Phasing）
将未分型的基因型数据（如 VCF/BCF 文件）推断为单倍型。
java -jar beagle.jar \
gt=input.vcf.gz \ # 输入基因型数据（需bgzip压缩）
out=phased_output # 输出文件前缀（自动生成 .vcf.gz 和 .log）2. 基因型填充（Imputation）
使用参考面板填充目标数据中的缺失基因型。
java -jar beagle.jar \
gt=target.vcf.gz \ # 待填充的目标数据
ref=reference.vcf.gz \# 参考面板（如千人基因组）
out=imputed_output # 输出文件名前缀二、核心参数说明
参数作用示例值gt输入基因型数据（VCF/BCF）gt=data.vcf.gzref参考面板文件（用于填充）ref=1kgp.vcf.gzout输出文件前缀out=resultnthreads使用的CPU线程数nthreads=4window分析窗口大小（cM）window=40impute强制填充缺失基因型impute=trueXmxJava堆内存分配java -Xmx8g -jar beagle.jar ...三、进阶使用示例
1. 使用参考面板和外部遗传图谱
java -jar beagle.jar \
gt=target.vcf.gz \
ref=reference.vcf.gz \
map=genetic_map.b37.txt \# 遗传图谱文件（染色体位置→cM）
out=imputed_with_map2. 多线程加速（推荐用于大型数据）
java -Xmx16g -jar beagle.jar \# 分配 16GB 内存
gt=large_data.vcf.gz \
nthreads=8 \ # 使用8个CPU线程
out=fast_phasing四、输入文件准备
[*]VCF文件压缩和索引：
bgzip input.vcf # 压缩为 .vcf.gz
tabix -p vcf input.vcf.gz # 生成索引文件 .tbi
[*]参考面板下载：
• 千人基因组计划参考面板（1KGP）：
wget ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/release/20130502/
五、输出文件说明
• phased_output.vcf.gz：分型/填充后的结果（bgzip压缩）。
• phased_output.log：运行日志（检查错误和耗时）。
• phased_output.phased.vcf.gz（旧版本可能生成此文件）。
六、常见问题
1. 内存不足（OutOfMemoryError）
增加Java堆内存（如分配32GB）：
java -Xmx32g -jar beagle.jar ...2. 输入文件格式错误
• 错误信息：Invalid VCF header 或 Could not read input file
• 解决：
[*]用 bcftools 验证文件：bcftools view input.vcf.gz
[*]确保文件用 bgzip（而非 gzip）压缩。
3. 参考面板与目标数据不兼容
• 表现：填充后结果异常或报错。
• 解决：确保参考面板和目标数据的基因组版本一致（如 hg19 vs. hg38）。
七、参考资源
• 官方文档：http://faculty.washington.edu/browning/beagle/beagle_5.4_08Jul22.pdf
• 示例数据集：https://github.com/chrchang/beagle-examples
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